L’histoire de la Cancoillotte est indissociable de la région Franche-Comté.
Les origines de la Cancoillotte sont assez incertaines mais il semblerait qu’elle ait vu le jour il y a plus de 2 000 ans lorsque la Franche-Comté s’appelait encore la Séquanie. Le mot Cancoillotte pourrait d’ailleurs provenir de l’expression latine « concoctum lactem », trouvée dans des écrits romains relatant la prise de la Séquanie en 58 avant JC.
Géographiquement la Franche Comté est partagée entre les montagnes du Jura et la plaine de la Saône. A l’époque, deux productions laitières s’y détachaient.
Les paysans du haut avaient pris l’habitude de fabriquer le Comté. Dans la plaine, où il n’existait pas la collecte de lait pour les fruitières et où l’herbe grasse poussait à foison, les paysans fabriquaient du beurre et de la crème. De cette fabrication subsistait le lait écrémé, alors destiné à l’alimentation des animaux. Très vite on s’aperçut que cette matière très riche en protéines pouvait être utilisée comme aliment.
La technique fromagère a donc poussé les fermiers à transformer ce lait écrémé en fromage, le « metton ». Comme il n’était pas consommable en l’état, le metton était affiné en étant chauffé, provoquant ainsi une fermentation levurée (le metton était naturellement riche en levures).
Dès lors, le fabricant ou le consommateur pouvait le faire fondre en y ajoutant un peu de beurre pour améliorer la texture, du vin (jouant le rôle d’émulsifiant) ou différents ingrédients disponibles dans les fermes, les jardins ou les cuisines. Il suffisait ensuite de verser cette matière liquide à chaud dans un pot, permettant ainsi de conserver la préparation pendant plusieurs jours voire plusieurs semaines.
Vendue sur les marchés locaux, ce n’est qu’à partir de la fin du XIXe siècle que la Cancoillotte connaîtra son essor commercial et apparaîtra dans les crémeries parisiennes.